A DEKL foi fundada em 1761, seis anos apenas após o devastador terramoto de 1755, por comerciantes protestantes (na sua maioria, oriundos das cidades hanseáticas do norte da Alemanha, como Hamburgo, Bremen e Lübeck), tendo na época sido apoiada e protegida pelas Legações da Holanda e da Dinamarca.
Durante mais de cem anos não possuía igreja própria, tendo os serviços religiosos lugar, inicialmente nas respectivas capelas dos citados estados protectores, mais tarde em escritórios de comerciantes alemães e na Escola Alemã de Lisboa.
Durante as invasões napoleónicas, deixou praticamente de existir, retomando a sua actividade regular em 1818. A primeira capela propriedade da DEKL foi construída com apoios financeiros de uma confraria alemã ainda hoje existente, a Associação de S. Bartolomeu dos Alemães de Lisboa. As trágicas consequências da Primeira Guerra Mundial levaram ao exílio da DEKL para Madrid, de onde só regressou em 1920, vendo os seus bens e haveres confiscados pelo governo português. A actual igreja e a casa paroquial em Palhavã foram inauguradas a 04 de Novembro de 1934.
Tem a seu cargo um dos mais antigos cemitérios públicos de Lisboa (anterior em 2 anos à abertura do cemitério dos Prazeres). Ao longo da sua história de quase 250 anos, a DEKL tornou-se a comunidade religiosa tradicional de muitas gerações de cidadãos alemães em Lisboa e em Portugal. Simultaneamente, tem sido uma comunidade de acolhimento para numerosas pessoas que chegaram a Portugal por razões de ordem profissional ou particular.
Com cerca de 260 paroquianos inscritos e aproximadamente 150 visitantes oriundos do círculo de amigos desta comunidade, a DEKL é o interlocutor de aprox. 2.000 – 3.000 cidadãos alemães na Grande Lisboa. Na falta de censos actualizados, estima-se que vivam actualmente em Portugal 12.000 cidadãos alemães registados (2004), aos quais acresce uma população flutuante de cerca de 20.000 alemães residentes no Algarve.
As responsabilidades paroquiais englobam, para além da sede em Lisboa, as comunidades protestantes alemãs do Porto, do Algarve e da Madeira, cada uma das quais com os seus próprios ministros.